Nem mindig lehet egy számítógépet merevlemezről indítani. Például ha hibát követsz el a LILO konfigurálása közben, a rendszer elindíthatatlanná válhat. Ezekre az esetekre kell egy olyan boot-olási mód, amely mindig működik (ha a hardver jó). A szokásos PC-k esetén erre a floppy-ról való boot-olás felel meg leginkább.
A legtöbb Linux terjesztés megengedi a vészindító floppy-k (emergency boot-floppy) létrehozását az installáció során. Ez egy jó ötlet. Igaz, hogy ezek a boot-lemezek csak a kernelt tartalmazzák, és feltételezik, hogy azokkal a programokkal, melyek a terjesztés telepítőlemezein rajta vannak, el tudod hárítani a hibát. Néha ezek a programok nem elegendőek, pl. ha néhány fájlt a biztonsági mentésből kellene előszedni, de a biztonsági mentést kezelő program nincs a vészindító lemezen.
Ezért szükséges lehet egy testre szabott root floppyt is előállítani. Graham Chapman Bootdisk HOWTO c. dokumentációja erről a témáról részletes információkat tartalmaz. Természetesen gondoskodni kell arról, hogy a vészindító lemez mindig az aktuális rendszerhez illeszkedjék.
A használatban levő floppy-meghajtó nem használható a root floppy csatlakoztatásán (mount-olásán) kívül semmi másra. Ez kényelmetlen lehet, ha csak egy floppy-meghajtód van. Ezért megoldható, hogy ha elegendő RAM-od van, akkor az indító floppy konfigurálható úgy, hogy a root lemezt memórialemezre (RAM-disk) töltse. Ehhez a floppy-n használt kernelt kell speciálisan beállítani. Amint a root floppy betöltődött a memórialemezbe, a floppy-meghajtó használhatóvá válik más csatlakoztatások számára.