A sendmail a /var/spool/mail -t használja spool könyvtárnak, míg a qmail alapbeállításban az egyes felhasználók home könytárát. Ennek alapvetően a biztonság az oka. A /var/spool/mail mindig is security probélmát jelentett (lásd: CERT tanács 95:02). Ezért a régi mailboxokat át kell mozgatnunk a felhasználók home könyvtárjába, (alapesetben) a Mailbox nevű file-ba.
Ezek után a be kell állítanunk a jogokat, és a tulajdonosokat. Két alapvető szempontnak kell teljesülnie ezzel kapcsolatban:
Nem árt még egy szempont figyelembe vétele, bár ez a hibátlan működést nem befolyásolja. Ez pedig az, hogy a Mailbox lehetőleg csak a tulajdonosa számára legyen olvasható, hiszen ki szeretné, ha leveleit mások is olvasni tudnák.
A biztonság mellet még egy előnye van annak, hogy a felhasználók a home-jukba kapják a leveleiket. Ez különösen helyszűkében lévő szervereknél előnyös. Arról van szó, hogy ilyenkor a home-jukban méretét növelik a levelekkel, és nem pedig azt partíciót, amelyiken a /var található. Ez akkor előnyös, hogy ha nem akarunk statikus quotát bevezetni és nem akarjuk a levelek méretét sem maximalizálni.
Amennyiben mégis a /var/spool/mail -t akarjuk használni spooldirnek, akkor binmail-t kell használnunk, illetve a számunkra legmegfelelőbb rc scriptet kell kiválasztani a $PREFIX/boot/ könyvtárból.