A CVS-nek van egy kiváló funkciója, ami egyben probléma forrása is. A CVS lehetővé teszi, hogy egy modul más modulokat tartalmazzon, ezt a funkcióját a GNOME ki is használja, így rendezettebb az egész és csökken a duplikált kód mennyisége. Sajnos a cvs update parancs nem veszi a fáradtságot, és nem nézi meg, hogy kerültek-e új modulok a modulokba, a főmodul kivételével. Ha úgy gondolod, hogy hiányzik egy darab, add ki a cvs get parancsot. Ne aggódj, ha van egy forrásstruktúrád, nem fog a CVS az egész újra letöltésével próbálkozni, ugyanazt fogja csinálni, mint a cvs update, tehát csak az új vagy módosított fájlokat fogja letölteni.