A PHP-t Apache modulként használva örökli az Apache-t futtató felhasználó (tipikusan a "nobody") jogait. Ennek többféle hatása van a biztonságra és az azonosításra. PHP-n kersztüli adatbázis elérés esetén például, az adatbázist elérhetővé kell tenni ennek a felhasználónak számára is - annak ellenére, hogy az adatbázisnak beépített azonosítása van. Ez azt jelenti, hogy egy rosszindulatú szkript elérheti, és módosíthatja az adatbázist, akár felhasználói név és jelszó nélkül is. Lehetséges, hogy egy keresőrobot beleakadjon az adatbázis-adminisztrációs oldalak egyikébe, és kiürítse az összes adatbázist. Természetesen lehet ez ellen védekezni Apache azonosítási technikákkal, vagy LDAP segítségével megvalósítotott saját elérési modellekkel, vagy külön .htaccess fájlokkal, stb., és ezeket a saját PHP kód részevé is lehet tenni így.
Általában, ha a biztonságot akkora szintre tudjuk emelni, hogy a PHP felhasználó (ebben az esetben az Apache-é) igen kis kockázattal fut, akkor nem képes például akármilyen fájlok írására a user könyvtárakba. Letilthatjuk számára egy adatbázis elérését vagy megváltoztatását. Tipikusan ebben a helyzetben már azokat a fájlokat sem tudja írni, amit kellene, vagy egyaránt nem tud végrehajtani jó és rosszindulatú adatbázis tranzakciókat egyaránt.
Gyakori hiba ezen a ponton, hogy az Apache-nak root jogokat adnak vagy valamilyen egyéb módon bővítik az Apache jogait / lehetőségeit.
Az Apache felhasználó jogainak root szintre bővítése különösen veszélyes, és tönkreteheti a teljes rendszert, tehát sudo, chroot vagy más hasonló eszközök használata elkerülendő, ha nem vagy biztonsági szakember.
Van néhány egyszerűbb megoldás is. Az open_basedir használatával szabályozni lehet, hogy mely könyvtárakat olvashatja a PHP. Ki lehet jelölni ún. csak apache-s területeket, hogy minden web alapú művelet ide, csak ezekre a nem rendszer- és nem felhasználói fájlokra korlátozódjon.