Az alapbeállítások a /etc/X11/ könyvtárban találhatóak. Ha nem használunk saját beállításokat, akkor ezeket kapjuk bejelentkezéskor. Lehetőségeink:
Két út van a programok egyedivé tételére: parancssori opciók megadásával, vagy az erőforrások beállításával. Ilyen parancssori opciók a -fn és a -geometry. Az első opció a használandó font megadására szolgál, a másodikkal a képernyőn megjelenő ablak méretét és helyét határozhatjuk meg.
Amennyiben a felhasználó nem definiál saját beállításokat, akkor az alapértelmezett beállításokat fogják használni a programok. Ezek a /usr/X11R6/lib/X11/app-defaults könyvtárban találhatóak.
X Window alatt is van lehetőségünk úgy dolgozni, mint ha karakteres terminál előtt ülnénk. Ezt a lehetőséget a terminálemulációs programok biztosítják számunkra. Ezekből is többféle létezik: xterm, rxvt, Eterm, stb.