A főmenü utolsóelőtti ajánlata a s- (Setup-parancs). Közvetlenül nem hoz létre új, önálló képernyőt, a főmenü billentyűmenüjének helyén jelenik meg az almenüivel:
P [Printer] C Config S Signature ^C Cancel N Newpassword U Update
A Printert vendég felhasználók általában nem vehetik igénybe, nem is érdemes. A Pine használatához megadhatunk jelszót a könyvtárunkra vonatkozóan. Az egyes üzenetek végéhez kérhetünk szignatúrát, személyes jelzést, ami lehet rövid szöveg vagy bármilyen karaktersorozat. Az emailen egyesek kedvelik a "mosolygók" (smileys), hangulatkifejező jelsorozatok alkalmazását.
A főmenüben a r- (Release notes) parancsra a használatos verzióhoz kapunk információkat, de a Setup-menüből kiválaszthatjuk az u- (update) almenüt, amikor is közvetlenül a programot kibocsátó intézmény szerveréhez kapcsolódunk, ahol magunk is kérdezhetünk, javasolhatunk.
Ha kiválasztjuk a Setup-menüből a Config-almenüt, a legnagyobb menürendszerhez jutunk. 9 képernyőt tesznek ki a beállítási lehetőségek, amelyekkel mindenki a maga ízlése szerint szabályozhatja a Pine üzenetrendszer működését. A képernyőket szóközzel és kötőjellel váltogathatjuk, egy képernyőn belül a le-fel nyíllal mozoghatunk. Rendszerint egy sor egy opció. Az első képernyőn enterrel lépünk be, szöveges beírást (felhasználói, domain-, szerver-, könyvtárnevet) kell megadnunk. Ezen a képernyőn írhatjuk be a szignatúra-fájl nevét, amelyiket minden postai küldeménybe automatikusan behelyez. A további képernyőkön opciólistákból választhatunk a sorok elején lévő checkbox-okban. Szögletes zárójelek között x-betűvel jelezzük a checkbox vagy váltógomb mellett megnevezett tulajdonság engedélyezését ill. az x-betű eltüntetésével (megnyomásával) a letiltását. Kerek zárójelek között pedig egy témakörben (pl. folderek rendezése) több lehetőség közül választhatunk kurzorral és enterrel; ahol a *-karakter megjelenik, az lesz az érvényes.
Minden opcióhoz kérdőjellel kapunk segítőmagyarázatot (néhány sorosat, de esetenként több képernyőnyit).
Példák a konfigurációs beállításokra:
A "sort-key" opció az üzeneteket rendezi a folderekben bizonyos szempontok szerint. Alapeset az érkezési sorrend, de ezt megváltoztathatjuk például téma szerint, vagy aszerint hogy kitől érkezett:
(*) Arrival ( ) From ( ) Subject
Ugyanígy a címtárban a címsorokat (bekezdéseket) is különböző szempontok szerint rendezhetjük: beírási és teljes név alapján, teljes nevek ABC- sorrendjében, becenevek szerint, stb.:
(*) fullname-with-lists-last ( ) fullname ( ) nickname-with-lists-last ( ) nickname
A konfigurálásból az E Exit Config paranccsal tudunk kilépni. Megkérdezi, hogy beépítse-e a változtatásokat vagy ne? Ha igen, y-betűt nyomjunk.