(Megjegyzés: ez a fejezet főként nagyon régi kernelekre vonatkozik)
A leggyakrabban felmerülő probléma régebben az volt, hogy a patch módosított egy `config.in' nevű fájlt, és nem sikerült, mert a felhasználó megváltoztatta az opciókat, hogy illeszkedjen a gépéhez. Ezt azóta megoldották, de még lehet vele találkozni egy régebbi kibocsátás esetében. A következőképpen lehet megjavítani: Nézz bele a config.in.rej fájlba és keresd meg mi maradt az eredeti patch-ből. A változásokat általában sor eleji `+' és `-' jelek jelzik. Nézd meg a körülötte lévő sorokat és jegyezd meg, hogy az állásuk `y' vagy `n'. Utána szerkeszd át a config.in-t, és változtasd meg a `y'-t `n'-ra és az `n'-t `y'-ra a megfelelő helyeken. Adj ki egy
patch -p0 < config.in.rejparancsot, és ha sikerül (nincs hibaüzenet), akkor lehet folytatni a konfigurálással és fordítással. A config.in.rej fájl megmarad, de le lehet törölni.
Ha további problémák bukkannak elő, akkor lehet, hogy rossz sorrendben alkalmaztad a patch-okat. Ha azt mondja, hogy `previously applied patch detected: Assume -R?', akkor lehet, hogy az aktuális verzió előtti patch-et próbálsz felrakni. Ha `y'-t válaszolsz, akkor megpróbálja lerontani a forrást, és nagy valószínűséggel kudarcot vall. Így aztán szerezni kell egy teljes vadonatúj forrást. (Lehet, hogy mindjárt ezzel kellett volna kezdeni.)
Egy patch-et visszacsinálni a patch -R parancsal lehet.
Ha a patch-ek tényleg nem működnek, akkor legjobban teszed, ha beszerzel egy érintetlen forrást (például egy linux-x.y.z.tar.gz fájlt) és elkezded elölről.