A /etc/X11 alkönyvárjai között vannak az xdm és egyéb más programok (például az ablakkezelő programok) könyvtárai. Javasoljuk, hogy az ablakkezelő programoknak csak egy-egy konfigurációs fájlja legyen itt, amelyek alapértelmezett .*wmrc neve inkább system.wmrc legyen (hacsak a neve nem egy széles körben elfogadott vagylagos név) és ne használjon külön alkönyvtárat. Bármely ablakkezelő alkönyvtárainak neve meg kellene, hogy egyezzen az aktuális ablakkezelő binárisával.
/etc/X11/xdm tárolja a konfigurációs fájlokat az xdm számára. Ezen fájlok legtöbbje normális esetben megtalálható a /usr/lib/X11/xdm könyvtárban. Néhány helyi, az xdm-mel kapcsolatos változó adat a /var/state/xdm könyvtárban tárolt.