Nem könnyű egy lemezt a lehető legjobb módon partícionálni. Nincs erre univerzális repect, mivel túl sok tényezőt kell figyelembe venni.
A szokásos mód az, hogy egy viszonylag kicsi gyökér fájlrendszert hozunk létre, mely a /bin, /etc, /dev, /lib, /tmp könyvtárakat és olyan fájlokat tartalmaz, melyek a rendszer felállásához és futtatásához szükségesek. Ily módon a gyökér fájlrendszer egy külön partíción helyezkedik el, melynek tartalma önmagában elegendő a rendszer elindításához. Ez azért célszerű, mert ha a gyökér fájlrendszer kicsi és ritkán használatos, kevéssé valószínű, hogy egy rendszerösszeomláskor megsérül, és ezért könnyebb lesz az utólagos hibaelhárítás.
A többi fontos rész külön partíción helyezkedik el, azaz a /usr-nek, /home-nak (a felhasználók saját könyvtárai) és a swap területnek külön partíciót tartunk fenn. A felhasználók home könyvtárait külön partícióra téve a biztonsági mentés leegyszerűsödik, mivel a programokat (azaz a /usr) tartalmát ritkán kell menteni. Hálózati környezetben a /usr akár meg is osztható több gép között (pl. NFS használatával), így több gép esetén több száz megabájt lemezterület megtakarítható gépenként.
Külön partícióra szokás tenni még a /var tartalmát is.
A sok partícióval az a probléma, hogy a teljes lemezterületet több kis részre osztja. Egy telepített rendszer esetén viszont utólag már nem módosíthatunk a partícióméreteken, ha kiderül pl. hogy több kellene a /home-nak, de kevesebb is elég lenne a /usr-nek. Manapság, amikor a lemezek és az operációs rendszerek egyre megbízhatóbbak, sokan inkább egyetlen nagy partíciót hoznak létre, mely az összes fájlt tartalmazza. Ez viszont megnehezíti a biztonsági mentéseket és több szempontból rontja a rendszer megbízhatóságát. Pl. ha véletlenül, vagy szándékosan folytonos írás jön létre a /var könyvtárba, akkor az ezt tartalmazó partíció betelhet. Egyetlen nagy partíció esetén ez a teljes lemez, így pl. a felhasználók képtelenek lesznek írni a saját könyvtárukba, ha valahonnét valaki sok megabájtnyi levelet küld a gépre, ezek ugyanis a /var/spool/mail-ba kerülnek. Amennyiben a /var külön partíción van, legfeljebb az telik be, és ilyenkor lehetetlen lesz pl. a további levelek fogadása, de maga a rendszer nem áll le. Továbbá egyetlen nagy partíció esetén nem oldható meg, hogy a /usr csak olvashatóan legyen csatlakoztatva, ami pedig jó lenne, mert csak olvasható fájlrendszer kevésbé sérülékeny.
A gyakorlatban tehát az előbbi, néha egymásnak ellentmondó igények közti egyensúlyt kell megkeresni a partícionáláskor.
Kis merevlemez esetén (hacsak nem végzünk kernelfejlesztést), a legjobb egyetlen nagy partícióra pakolni mindent. (Persze a swap-et mindig külön partícióra érdemes rakni.) Nagyobb lemezeknél viszont - a fentiek figyelembevételével - érdemes a rendszer biztonsága és a könnyebb rendszeradminisztráció kedvéért több nagyobb partíciót használni. A pontos méretek természetesen a lemez teljes méretétől, és a helyi viszonyoktól (pl. a felhasználók száma, aktivitása) függnek.
Több lemez esetén a felhasználók könyvtárait, azaz a /home-ot érdemes külön lemezre tenni a rendszerfájloktól, azaz a / (gyökér) és /usr fájlrendszerektől.
Jó ötlet gyakorlatot szerezni különféle a partícionálási sémák terén, még mielőtt a teljes rendszert telepítenénk. Ez egy kis időt vehet el, mert a rendszer többszöri telepítését igényli, de az egyetlen módja a helyes partícionálás megtalálásának.